Gayri müslim esnaf ve tüccardan bazıları vergi ve yurt dışına para kaçırmak ve Osmanlı ülkesinde oturduğu halde, yabancı devlet tebaasına giriyorlardı. Bu durum ve paranın dışarıya çıkarılmasına karşı tedbir alındı. Avrupa devletlerine daimi elçilikler kurularak, 1793’te ilk tayinler yapıldı. Avusturya, Fransa, İngiltere ve Prusya merkezlerine gönderilen elçiler; bulundukları memleketlerin yalnız siyaseti ve diğer devletlerle olan münasebetleri hakkında bilgiler toplamakla kalmadılar. Aynı zamanda, oraların kültürleri, her türlü ilerleme ve gelişmeleri hakkında bilgiler toplayıp, rapor hâlinde İstanbul’a gönderdiler. Avrupalılar ve Rusya’nın kışkırtmasıyla Balkan kavimleri, İngilizlerin teşvikleriyle Arabistan’da Vehhabi Bedeviler, Ortadoğu’da Dürzi ve Maruniler, Kölemen Beyleri, Rumeli’de kanun kaçaklarından meydana gelen eşkıyanın koruyucusu Kırcalılar da denilen Dağlı Eşkıyası, devlete asi olup isyan çıkardılar. Bu meseleler için teşebbüs edildiyse de Fransa’nın Balkanlar, Akdeniz, Kuzey Afrika, Mısır, Filistin ve Suriye’deki faaliyetleri ardından Napolyon Bonapart’ın 1798’de ani harekatla Mısır’a asker çıkarması sebebiyle bütünüyle tam bir hal çaresi bulunamadı.
Sultan Selim'in hükümdarlığının 3. ayında çıkan Fransız İhtilali’yle, Avrupa devletleri Fransa’ya cephe olmasına rağmen, Osmanlı Devleti meseleye karışmadığı gibi münasebetlerini de dostane devam ettirdi. Nizam-ı Cedit için, Fransa’dan teknik ve yetişmiş eleman getirildi. Fransa’nın müstakbel imparatoru General Napolyon Bonapart, memleketinde görevden alınınca, Sultan Selim'in daveti üzerine, Nizam-ı Cedit Ordusunda vazife kabul etmişti. Osmanlı Devleti, ihtilalle değişen yeni Fransız idaresini tanıyan ilk devletlerdendi. Fakat, Fransa’nın 1795 Basel Antlaşmasıyla Venediklilerden Dalmaçya kıyılarını almasıyla Balkanlarda başlattığı istiklal (bağımsızlık) fikri propagandası, takip edilen siyasetin değişmesine sebep oldu. Adalet-Eşitlik-Hürriyet fikriyle yapılan Fransız İhtilali, çıkış gayesinden uzaklaşarak, Fransa’nın yayılma siyasetine döndü. Hırvat, Rum ve Sırplar arasında ihtilal fikirlerini yaydılar; Yahudileri Filistin’de istiklale davet ettiler. Fransa, bununla da kalmayarak, sömürgecilik zihniyetiyle; İngiltere’yi Akdeniz’den çıkarıp, Uzakdoğu’daki İngiliz sömürgelerini ele geçirmek için Hind’e giden yolların en kısası olan Mısır’a sahip olmak idealiyle, Osmanlı Devletinin toprak bütünlüğünü bozmaya çalıştı. Napolyon Bonapart, beş yüze yakın gemiye aldığı Fransız ordusuyla Akdeniz’e açılıp, Malta’yı işgal ettikten sonra, 2 Temmuz 1798'de İskenderiye’den Mısır’a çıkarma yaptı. Fransa’nın beklenmedik harp ilanı ve Mısır’a çıkarma yapması, İngiltere’nin menfaatlerine ters düştüğünden, Akdeniz’deki İngiliz Amirali Nelson harekete geçti. Amiral Nelson, 1 Ağustos 1798'de Fransız Donanmasını Ebukir’de mağlup etti. Fransız donanmasının Ebukir’de imhasıyla, Napolyon’un ve Mısır’daki Fransız ordusunun anavatanla irtibatı kesildi. Rusya, ihtilalin tesirinden çarlığı korumak için Fransa’ya karşı Osmanlı Devletiyle ittifak kurdu. Karadeniz’den Akdeniz’e geçirilen Rus filosu, Osmanlı donanmasıyla birlikte hareket etti. Arnavut sahillerinin muhafazası ve Venediklilerden Fransa’ya geçen yerlerin alınmasıyla vazifelendirilen Tepedelenli Ali Paşa, Preveze’de Fransızları mağlup etti.Osmanlı-Rus donanması Zenta ve Kefalonya adaları sahilindeki Fransız gemilerini mağlup edip, bir kısmını da zaptetti. Bu muvaffakiyetler üzerine, İngiltere ve Rusya ile antlaşma imzalanarak, ittifaklar resmilik kazandı.

           Fransız donanması imha edildiğinden Napolyon Bonapart ve ordusunun deniz yolu, Akdeniz’de Osmanlı-İngiliz-Rus donanmasınca kapatıldığından, Osmanlı ülkesinde mahsur kalmıştı. Sultan Selim Han, Fransa’ya karşı ordu sevk etmek için tayinlerde bulundu. Sayda Valisi Cezzar Ahmet Paşa, Mısır Seraskerliğine tayin edildi. Tırhala Mutasarrıfı Köse Mustafa Paşa da deniz yoluyla Mısır’a gönderildi. Napolyon Bonapart, Mısır’dan çıkış yolu bulmak ve Suriye’ye hâkim olmak için, Akka’yı kuşattı. Akka Kalesi, Mısır Seraskeri Cezzar Ahmet Paşa kumandasındaki Nizam-ı Cedit askerince, Fransızlara karşı kahramanca müdafaa edildi. Napolyon Bonapart’ın inatla taarruzu, Fransızların çeşitli hile ve vaatleri Akka’da neticesiz kaldı. Cezzar Ahmet Paşa ve Nizam-ı Cedit askerlerinin destani müdafaası karşısında kuşatmanın altmış dördüncü günü, Napolyon Bonapart; "Akka olmasaydı, Doğu İmparatoru olurdum." diyerek, büyük hayallerle kendisine bağlanan Fransız ordusunu veba salgını, sefalet ve mağlubiyetle önce Kahire'ye çekip, sonra da yüzüstü bırakarak, 1799 yazında gizlice Fransa’ya kaçtı. Mısır’da kalan Fransızlar, Osmanlılara mukavemet ettilerse de, üst üste mağlubiyete uğradılar. 27 Haziran 1801 tarihinde imzalanan tahliye mukavelesiyle Fransızlar Mısır’ı boşalttı. 25 Haziran 1802 tarihli Osmanlı-Fransız anlaşması, Fransa ile harp haline son verdi. Mısır Valiliğine, 1805’te Kavalalı Mehmet Ali Paşa tayin edildi. Napolyon Bonapart’ın İstanbul şehri ve Çanakkale ile İstanbul Boğazlarını almak istemesi üzerine 24 Eylül 1805’te Osmanlı-Rus ittifakı yenilendi. Napolyon Bonapart tehlikesine karşı İngiltere ve diğer Avrupa devletleri Osmanlılara yardım talebinde bulundular. Fakat, Rusya ile ittifak ve İngiltere ile dostluk uzun sürmedi.