Van isyanının devam ettiği sıralarda harbiye Nazırı Enver Paşa, 2 Mayıs 1915'te Dahiliye Nazırı Talat Paşa'ya bir mektup yollayarak, Doğu Anadolu'daki vilayetlerde yoğun olarak yaşayan Ermenilerin silaha sarılarak cepheye lojistik destek sağlayan birliklere saldırdıklarını, Müslüman halkı taciz ettiklerini, can, mal ve namus güvenliği bırakmadıklarından bahisle Ermenilerin Anadolu'nun iç bölgelerine sevki ya da Rusya'nın işgali altındaki Türkleri Osmanlı Devletine karşı cepheye sürdüğü gibi onların da Rusya'ya karşı cepheye sürülmesi hususunda görüşlerini bildirmişti. Talat Paşa da Enver paşanın görüşlerini yerinde görerek Vilayetlere derhal birer şifreli telgraf göndererek tehcir kararını tek başına uygulamaya koydu. Önce Van, Bitlis ve Erzurum bölgelerinde bulunan Ermenileri, harp sahasından uzaklaştırması konusunu ele aldı. 26 Nisan 1331'de ( 9 Mayıs 1915) Erzurum Valisi Tahsin Bey'e ayrı, Van valisi Cevdet Bey'le, Bitlis Valisi Abdülkadir Bey'e şifre emirler gönderdi. Avrupa devletlerinin protestoları karşısında Dahiliye Nazırı 26 Mayıs 1915'te Sadarete bir tezkire göndererek üzerindeki yükü Meclis-i Vükela'ya havale etmek istedi. Sadrazam ertesi gün tezkireyi bir üst yazı ile Meclis-i Vükela'ya havale etti ve 27 Mayıs 1915'te Vakt-ı seferde hükümetin icraatlarına karşı gelenler için cihet-i askeriyece ittihaz olunacak tedabir hakkında muvakkat kanunu çıkartıldı ve 1 Haziran'da yürürlüğe girerek uygulanmaya başlandı. (10) Bu kanun, şu hususları ihtiva ediyordu:
1) Sevk edilen Ermenilerin can ve mal güvenliğinin korunması, iaşelerinin sağlanması, suiistimalleri görülen görevlilerin azliyle Divan-ı Harbe sevk edilmesi.
2) Katolik, Protestan ve hasta Ermenilerin sevk edilmemesi.
3) Devlete ihanet etmeyen ve komşuları ile kötü ilişkileri olmayan Ermenilerin sevk edilmemesi.
4) Kimsesiz ve muhtaç Ermenilere iaşe temin edilmesi.
5) Sevk edilen Ermenilerin mallarının sayılarak muhafaza edilmesi, geri dönüşte mallarının iadesi.
6) Ermeni sevki esnasında iaşe ve güvenliklerinin temini için Tahsisat-ı Muhacirin 'den para ayrılması.
7) Kullanılmakta olan emlakın, Ermeniler geri geldiklerinde boşaltılması
8) Ermenilerin geri dönüşlerinde her türlü kolaylığın sağlanması ve ihtiyaçlarının giderilmesi.
9) Gayr-i Müslim çocukların akraba ve cemaatlerine teslimi
10) Ermenilerin geri dönüşlerinde uygulanacak esaslarla ilgili nizamname ve talimatnamelere uyulması.
Bu maddelere bakıldığı zaman sevk ve isyan planlı ve siyasi değil, askeri ve güvenlik nedeniyledir. Nisan 1915'te başlatılan tehcir, 25 Kasım 1915'te geçici olarak; 24 Ekim 1916'da da tamamen durdurulmuştur.(11)
Tehcir Karşısında Batının Tutumu
İstanbul'daki Alman Büyükelçi vekili Neurath, 26 Haziran 1915 tarihli raporunda, Türk Hükümeti, Doğu Anadolu'daki Ermeni halkını yoğun oldukları eyaletlerde ihtilal çıkarmalarını engellemek için askeri sebeplerden dolayı sürgün etmiştir. demektedir. Daha tehcir kararı açıklanır açıklanmaz Amerika ve Avrupa devletleri Osmanlı Devleti'ni suçlu ilan etmiştir. İtilaf devletlerinin böyle bir bildiriyi yayınlamalarındaki ana sebep, savaş dolayısıyla başlatılan propaganda faaliyetlerinin yanı sıra, o sırada düşmanları olan Osmanlı Devleti'nin içinde kendileri için son derece önemli addedilen önemli bir nüfusun etkisiz hale getirilmesidir. Amerika Devleti, savaşa girmeyi meşrulaştırmak için işte bu tehcir meselesini ele almıştır. O sırada İstanbul'da bulunan büyükelçi Morgenthau, ezilmekte ve yok edilmekte olan mazlum ve Hıristiyan bir millet olarak değerlendiği Ermenilerle ilgili gelişmeleri ve özellikle de nakil esnasındaki ölümleri son derece abartarak bir katliama dönüştürme çabasına girişmiştir.(12)
Ermenilere yaptığı iyilikten dolayı ödüllendirilen (!) ve Tiflis'te bir Ermeni kurşunuyla can veren Cemal Paşa, hatırat'ında, Ermeni tehcirinin uygulandığı tarihlerde IV. Ordu Kumandanı olduğunu, Mezopotamya'ya sevk edilecek Ermenilerin her hangi bir açlığa maruz kalmaması için daha verimli olana Suriye ve Beyrut vilayetlerine yerleştirdiğini, kendi sorumluluk alanında bulunan bölgede kesinlikle her hangi bir saldırıya meydan verilmediğini, ordu ambarından zahire dağıttığını ve doktor göndererek hastalarını tedavi ettirdiğini ifade etmiştir. (13 ) Cemal Paşa, Ermenilerin yaptıkları taşkınlıkları ve Rus işgali sonucunda yerlerinden yurtlarından edilen Türk ve Kürtlerin de sefalette Ermenilerden geri kalmadığını, onların yanlarına hiçbir şey alamadan, evlerini barklarını terk ettiklerini yazmıştır. Cemal Paşa, tehcirde 1,5 milyon Ermeni'nin 600 bin kadarının yollarda hastalık ve açıktan öldüğünü, buna mukabil Ermeniler tarafından göçe mecbur edilen 1,5 milyon kadar Müslüman nüfusun yollarda öldüğünü ifade etmiştir. Cemal Paşa, Ermenilerin kaybı bütün Avrupa kamuoyuna duyurulurken Ermenilerden ve Ruslardan gördükleri zulümler karşısında Anadolu'nun daha sakin bölgelerine göç eden Müslümanların çektiği eziyet ve sıkıntılar ve can kaybı neden rapor edilmiyor ve dünya kamuoyuna bildirilmiyor diye Avrupa emperyalist devletlerini sorgulamıştır.(14.)
Osmanlı Devleti, bu tehcir kararındaki gayesini, 21 Ağustos 1331 tarihli Dahiliye Nezareti'nden vilayetlere gönderilen bir şifre'de şöyle belirtmektedir: Ermenilerin bulundukları mahallerden ihraçlarıyla tayin olunan mıntıkalara sevklerinden hükümetçe güdülen gaye, hükümet aleyhine teşebbüsat ve fiiliyatta bulunmamaları ve bir Ermenistan Hükümeti teşkili hakkındaki milli emellerini takip edemeyecek bir hale getirilmelerini temin esasına matuf. denilmektedir. (15)
Dahiliye Nezareti, tehcir esnasında Hama'da humma-yı dizanteri ve tifo salgını başladığından Oradaki Ermenilerin hususi mahallere sevkine dair 4 Teşrin-i evvel1331'de Suriye Valisine şifreli bir emir göndererek Ermenilerin hastalıktan kırılmasını önlemiştir. (16)
Kimsesiz kadınların ve çocukların, Ermeni bulunmayan kura ve kasabalara yerleştirilmesi, çocukların öksüzler yurduna ve darül eytamlara yerleştirilmesi, bunların kifayetsiz olduğu durumlarda iyi hal sahibi Müslümanların yanına verilmesi, kadınlara ve kimsesizlere muhacirin tahsisatından para verilmesine dair yine Dahiliye Nezareti, Adana, Erzurum, Halep, Edirne, Hüdavendigar, Sivas, Diyarbekir, Mamuratilaziz, Konya, Kastamonu ve Trabzon vilayetleriyle İzmit, Canik, Eskişehir, Karahisar-ı sahip, Maraş, Urfa, Kayseri ve Niğde mutasarrıflıklarıyla Kolordu kumandanlarına 17 Nisan 1332 tarihli şifreli emirler göndererek sahipsiz kalan Ermenileri de himaye etmiştir.
Dahiliye Nezareti, 20 Kanun-u Evvvel 1334'te Ermenilerin geri dönmeleri için kararname gönderiyor. 19 Şubat 1335'te bütün vilayetlere şifreli bir emir göndererek depolarda muhafaza edilen Ermenilere ait eşyaların sahiplerine iadesi; Ermeni yetimlerinin sahiplerine teslim edilmesine dair 20 Şubat'ta bütün vilayetlere ikinci bir emir gönderiyor.(17)