Bu sırada doğudan batıya bütün Türk âlemi Moğol tehlikesi ile karşı karşıya kaldı.
Yaklaşan bu tehlikeye karşı Ahi Evran halkı uyandırmaya ve sevenlerini Moğol istilasına karşı koymaya çağırdı. Onlara şöyle nasihatlerde bulundu:
"Ey Ahiler! Mücahitler, yiğit ve aslan yürekli olur. Düşmandan korkmaz, kaçmaz ve ona boyun eğmez. Yağmada kurt gibi saldırsalar hiç sarsılmaz. Atılan oklara ve kılıç darbelerine metanetle karşı koyar. Savaşırken safta, namazdaki gibi sessiz olup, komutanına itaatte cemaatin imama uyması gibidir. Düşmana karşı haykırışı gök gürültüsü gibi, olmalıdır. Düşmandan korkmayın, Allahü Tealanın emir ve yasaklarına uymamaktan korkun. Vatan sevgisinin imandan olduğunu unutmayın!"
Allahü Tealanın emir ve yasaklarına riayet edip, takdirine razı olan ve hocalarına itaat eden bu mübarek insanlar, Anadolu'ya giren Moğol ordularına karşı kahramanca mücadele ettiler.
Ahi Evran hazretleri Anadolu'nun bu karışıklık zamanında Anadolu Selçuklu Devletine karşı meydana gelen bir hadise bahanesiyle iftiraya uğradı ve tutuklanıp hapsedildi. Beş sene hapiste kaldı.
Beş yıllık tutukluluk süresi bittikten sonra Denizli'ye gitti. Bir müddet sonra Sadrettin Konevî hazretlerinin isteği üzerine Konya'ya döndü. Konya'da bir müddet ikamet ettikten sonra Kırşehir'e yerleşti. Menahic-i Seyfi adlı ilmihal bilgilerine dair eserini, Kırşehir emiri Seyfeddin Tuğrul'a takdim etti. Vaazlarındaki sadelik, herkesin anlayabileceği şekilde meseleleri izah ederek yazdığı kitaplar, ahlakının güzelliği dünya malına ehemmiyet vermeyip yalnız Allahü Tealanın rızası için çalışması, herkesin sevgisini kazanmasına vesile oldu.
İslamiyet'e yaptığı hizmetler dolayısı ile Nasırüddin lakabını aldı. Doksan üç yaşlarında iken onun nüfuzundan ve sevenlerinin çokluğundan korkan ve Moğol baskısına dayanamayan Kırşehir emiri Nurettin Caca tarafından 1262 yılında şehid edildi.
Talebeleri Ahi Evran'ın yolunu devam ettirdiler. Söğüt civarında, Bizans sınırında gelişmeye başlayan Osmanlı Beyliği emrine koşuşan ahilerden bir kısmı uçlara yerleşip tekkeler ve zaviyeler kurdular. Bir ahi şeyhi olan Şeyh Edebali ile Osman Bey akrabalık tesis etti. Doğudan gelerek Osmanlılara katılan Türkmenleri terbiye ettiler, yetiştirdiler. Onlara İslâmî bilgileri öğretip gaza ruhu aşıladılar.
